Ninjutsu to najbardziej popularna sztuka ninja, jaką się praktykuje. Podstawą w wykonaniu technik tego stylu jest odpowiednia kumulacja chakry oraz jej uwolnienie i wykonanie pieczęci dłońmi. W asortymencie technik Ninjutsu znajdują się zarówno te ofensywne, jak i defensywne. Są także takie, których używa się podczas misji zwiadowczych i szpiegowskich.

Techniki Ninjutsu opierają się na pięciu żywiołach: ogień, woda, wiatr, ziemia i piorun. Każdy z nich ma swoje mocne strony i zalety. Za najbardziej ofensywny żywioł uważa się Wiatr, zaraz po nim Ogień. Ziemia, Woda i Piorun to żywioły posiadający zarówno ofensywne jak i defensywne techniki, przez co są bardziej uniwersalne. Wszystko opiera się na naturze chakry, która jest przypisana każdemu ninja. Bardziej uzdolnieni shinobi potrafią zapanować nad dwoma żywiołami, zaś ci najlepsi umieją je nawet łączyć ze sobą. Przykładowo, łącząc żywioł wody i wiatru powstaje żywioł lodu. Taka sztuka jest zarezerwowana jednak tylko dla wysokiej rangi jouninów.

Kolejnym z rodzajów Ninjutsu są techniki opierające się na „zwykłej” chakrze, mieszanej na bazie Jin-Jang (coś w stylu czarny-biały). Podstawowymi technikami z tej dziedziny to technika przemiany, podmiany ciał oraz podziału. Każdy szanujący się shinobi je zna.

Następną rzeczą są techniki przywołania. Za ich pomocą ninja może przywołać zwierzęcego pomocnika, z którym związany jest swoją krwią i specjalnym paktem na „zwoju przywołania”.

Duża użyteczność technik Ninjutsu polega na tym, że dają one bardzo wiele możliwości w walce. Ninja posiadający większy asortyment ataków, posiada dużą przewagę nad swoim przeciwnikiem. Nie musi w takim przypadku kombinować ani obmyślać skomplikowanej strategii, ponieważ zawsze ma asa w rękawie.