Genjutsu jest to sztuka iluzji i hipnozy, stosowana tylko przez wykwalifikowanych w tym kierunku ninja. Techniki z tej dziedziny są często używane do przejęcia kontroli nad umysłem przeciwnika i wprowadzeniu go w stan dezorientacji, obłędu czy też uśpienia.

Sztukę tą trudno opanować, dlatego też niewielu ninja specjalizuje się w Genjutsu. Wysoki poziom mentalny shinobi oraz duża kontrola nad jego chakrą są niezwykle potrzebne do używania technik iluzyjnych. Aby użyć Genjutsu na drugim ninja, należy za pomocą kontroli własnej chakry oraz odpowiednich pieczęci stworzyć „połączenie” między swoją wolą a jego nerwami, prowadzącymi do mózgu. Jeśli sztuka się powiedzie, można dowolnie kontrolować umysłem swojego przeciwnika.

Genjutsu atakuje wszystkie pięć zmysłów shinobi, a nawet szósty, który posiada każdy (rozwinięty w bardziej lub mniej zaawansowanym stopniu). Potrafi wprowadzić do umysłu człowieka wymyślone przez siebie wizje, zmylić słuch nieprawdziwymi dźwiękami, a nawet sprawić jego ciału sztuczny ból.

Techniki iluzji mają za zadanie zrobienie z przeciwnika łatwego celu. Kiedy shinobi nie panuje nad sobą, można bez problemu atakować go innymi technikami. Zdarza się też, że Genjutsu jest na tyle silne, aby od razu wyeliminować ninja z walki, bez potrzeby późniejszego ingerowania.

Ważną sprawą jest także obrona przez technikami iluzji. Jest to niezwykle trudna sztuka, którą potrafią używać jedynie ninja z naprawdę stalową wolą. Aby przeciwstawić się iluzji, pierwszym krokiem jest użycie prostej techniki „Kai”. Dzięki niej można odzyskać panowanie nad własnym umysłem, za czym idzie kontrola zmysłów. Ta technika jest jednak przeznaczona jedynie dla ninja, którzy mają za sobą trudny trening odnośnie Genjutsu, tak więc nie każdy potrafi jej używać.

Podstawową, naturalną obroną przez iluzjami jest chakra, a dokładniej jej cyrkulacja w ciele człowieka. Kiedy ninja jest już pod działaniem Genjutsu, nie pozostaje mu nic innego jak wyrwanie się spod działania hipnozy. Musi wtedy po dłuższym skupieniu uspokoić swój umysł, przy czym zatrzymać przepływ chakry, szczególnie w głowie. Tam albowiem znajduje się mózg, który jest centrum kontroli nad umysłem. Jest on wtedy pod działaniem iluzji, a zarazem „kieruje” nim wrogi ninja. Jeśliby skutecznie zatrzymać ten bieg, wrogi shinobi nie będzie mógł już dłużej kontrolować umysłu swojego przeciwnika. Najważniejsze w tym wszystkim jednak jest skupienie i zachowanie zimnej krwi, co stara się zburzyć nieprzyjaciel za pomocą wysyłania fałszywych informacji do mózgu.